目标成为幽灵猎人的天空寺 武，得到从亡父天空寺 龙送来的幽灵眼魂（Ghost Icon），却被盯上其物的异世界怪人眼魔杀死。为救青梅竹马，决定使用幽灵眼魂和Ghost驱使器变身，成为假面骑士Ghost以99天短暂的生命复苏。为了收集能实现愿望的15个伟人的眼魂...

丹顿残党妄图干扰人类世界，马拉、卡米尤与罗贝斯将深海花音从眼魔世界带出，想利用她实现丹顿的野心。然而天空寺尊接到消息后火速赶来，激烈的战斗过后，花音独自逃脱，来到外界寻找哥哥深海诚。天灾发现花音是人造人，因此十分感兴趣，想要认花音当妹妹。两人纠缠之际，假面骑士圣刃，也就是神山飞羽真正好经过，仗义出手和天灾打了起来。随后众人发现看似柔弱的花音实力深不可测，连天灾都在她手上吃了亏。几经周折过后，罗贝斯、天灾、飞羽真还有尊四方势力狭路相逢，飞羽真与尊分别变身为假面骑士圣刃与假面骑士灵骑，两人携手作战，最终战胜了罗贝斯与天灾。尊向花音承诺，一定会帮她找到哥哥深海诚，花音便放心跟着谢贝尔走了。然而在回大天空寺的途中，马拉与卡米尤突然出现，再次劫走了花音。

随着文明的进步，“魔法”逐渐被人们所忘却。然而，在现在这个时代仍有魔法师存在。其名为操真晴人。为了从诞生于绝望之中的魔物——“幻魔”手中拯救他人，晴人藉由“魔法师指环”变身为假面骑士巫骑，无休无止地战斗着……晴人成为魔法师的理由、谜之少女“历”那被深藏的过去、以及等待着二人的，残酷的命运。为人们带去希望的指环的魔法师，他的故事即将揭开序幕。

在火星上发现的神秘潘多拉魔盒引发了天空之壁的惨剧，巨大的天空之壁将日本分为东都、西都、北都三个部分。而在东都出现了被称为“猛击者”的未知生命体，不断袭击东都的市民。保护市民免受“猛击者”侵扰的就是由天才物理学家桐生战兔所变身而成的假面骑士创骑。战兔和龙我等人在追查猛击者的过程中，将一步步揭开隐藏在身边的惊天阴谋！

战兔创造了新世界后，除了战兔和龙我外，所有人都失去了有关假面骑士、天空之壁等的一切记忆。然而某一天，突然从白色的潘多拉金属板中出现了一个未知的外星生命体，他利用龙我恢复了潘多拉魔盒，并企图利用魔盒的力量毁灭全宇宙，而拯救宇宙的重任竟落在了龙我和埃伯尔特的身上！

在桐生战兔创造的新世界中，只有接受过人体实验的人恢复了旧世界的记忆。而某位恢复了记忆的科学家成立了覆灭组织，并突袭了政府官邸，他企图利用骑士系统来统治新世界。另外，覆灭组织利用一股不可思议的力量让冰室幻德、桐生战兔、万丈龙我失去了变身能力，并为了夺得白色金属板，而绑架了美空。现在唯一的希望就在还能变身的一海身上了。一海将燃烧心火、救回美空，最后的狂欢就此开始！

怪异事件频发，越来越多的市民遭遇一种奇怪现象——仿佛自身和周围的时间陷入停滞，身体也无法自由活动……人们将这种怪异现象称为“顿浊”，并对此深感恐惧。这一变成社会问题的现象，随后被官方正式命名为“重加速现象”。为应对此事，警视厅设立了特殊状况下事件搜查课，简称“特状课”。半年前，被分配到特状课的刑警泊进之介在追捕犯人时遭遇了“顿浊”，导致同事身受重伤、无法复职，这件事让他的内心蒙上了一层阴影。而让进之介重新振作起来的，是他在一辆名为“特莱多隆”的超级战车中遇到的腰带先生。为解决重加速现象以及与之相关的神秘怪人“机械变异体”，进之介内心的引擎被再次点燃。身为警视厅特状课的刑警，进之介变身为假面骑士驰骑，为了逮捕制造怪异事件的犯人，他与神秘的机械变异体展开战斗。

东都、西都、北都的战争结束后，在潘多拉魔塔内建立起了新政府，各都由三位都长管理。然而这三位都长却在就职演讲上扬言要歼灭创骑，一场新的危机降临了，战兔最后的实验开始了！

「来吧，开始实验吧。」行星探测船从火星带回的神秘之箱“潘多拉魔盒”。从箱中释放出来的能量创造出了巨大的墙壁，日本从此被分成了三部分。10年后，在谜之怪人“猛击者”暗中活动的东都街头，传说存在着为了保护人们而战斗的假面骑士创骑。他的真身是丧失记忆的天才物理学家·桐生战兔。为了解开潘多拉魔盒之谜，为了取回自己的记忆，他的战斗拉开了序幕……

本作围绕着高中生的日常生活，讲述了在“炼金术”盛行的时代中，青年人们为了守护正义、追逐梦想，而勇敢对抗邪恶势力的故事。炼金术本来指的是尝试从普通金属中提炼黄金的技术，随着科技发展，炼金术士们尝试将人类的肉体和精神作为对象，加以熔炼。汇集这种炼金术的精华而创造出来的，就是完全的人工生命体，101只“凯米”。可是原本应该被封印在“凯米卡”里的凯米突然被释放了，探求梦想的高中生一之濑宝太郎偶然目击了这一过程，从此被卷入了这场风波中。他与凯米相遇，结识神秘的女同学九堂凛音，还被托付了变身腰带。一之濑宝太郎决心保护凯米不被邪恶势力利用，并立志要与凯米成为同伴。于是他和朋友们一起变身为假面骑士，开始了追逐梦想的旅途，一群青涩懵懂的高中生也逐渐成长。

《假面骑士魂骑x剑锋》，是《假面骑士圣刃》与《假面骑士灵骑》的联动作品。本部作品讲述了“水之剑士“——假面骑士剑锋，与背负非凡命运的兄妹相遇后，发生的一系列故事。水之剑士——新堂伦太郎，与编辑——须藤芽依，遇见了“复制人花音”。伦太郎对事情的来龙去脉一无所知，所以当他看到复制人花音的力量后，感到十分惊愕。不久后，伦太郎一行人遇见了真正的花音，虽然他们尝试一起控制住失控的“复制人花音”，但“复制人花音”根本听不进去，众人也感到十分棘手。就在这时，丹顿残党竟然突然出现了，他们也盯上了“复制人花音”，这让伦太郎一行人措手不及。伦太郎变身而成的假面骑士剑锋虽然奋力战斗，试图力挽狂澜，可是圣剑的力量根本对付不了眼魔的科技。花音有生命危险！就在千钧一发之际，深海诚出现了。而他的手中，竟然拿着奇幻驱动书！众人携手作战，最终敌人被打败，花音也见到了自己思念的哥哥。

2018年秋天，在梦想成为王者的18岁主人公面前，时光机突然出现。从时光机中现身的神秘少女告诉他：“我是从2068年过来的。魔王降临未来世界，他让人们饱受折磨，让世界陷入绝望之中”。为了改变未来绝望的世界而来到2018年的少女还对他说：“未来的你，成为了毁灭世界的魔王，时间的王者——时王”。命中注定会变身成为假面骑士时王的主人公，他不是英雄而是未来的魔王吗……他未来的命运究竟如何？这是一个主人公跨越时空，与历代平成假面骑士相遇，为了挽救过去、现在、未来而最终成为新时代王者的故事。

铠武活跃的舞台是在一个新兴都市。以巨大企业为核心，经济十分繁荣，然而却有种闭塞的感觉，于是年轻人通过跳街舞驱散沉闷的气氛。在这些年轻人中间，暗地里流行着一种通过lock seed召唤小动物Invase，并让它们互相战斗的游戏。这些小动物Invase在游戏进行中会从打开的“异世界之门”现身，然而通往“异世界”的门却开始在世界各地开启，招来了威胁人类的危机。